Столыпин был одним из главных инициаторов роспуска II Думы и творцов третьеиюньского режима. Но после 1907 г. премьеру пришлось создавать новую обширную правительственную программу для решения важнейших внутриполитических вопросов.

Программа кабинета Столыпина, которую он намеревался реа­лизовать через новую Думу, предполагала проведение аграрной реформы на принципах освобождения крестьян из-под влияния общины, поддержки индивидуального крестьянского землевладе­ния, улучшения агрокультуры и уменьшения аграрного перенасе­ления в центре страны. Правительство намеревалось урегулиро­вать и рабочий вопрос, принять узаконения о социальном страхо­вании рабочих. Кроме того, Столыпин стремился усилить позиции центральной власти в нерусских окраинах в духе правительствен­ного национализма. Условием реализации этих идей было «успо­коение» страны — стремление подавить массовое рабочее и крестьянское движение, борьба с революционной и либеральной оппозицией и противодействие национальным движениям.

Столыпин отказался от традици­онной политики сохранения общины и выступил в поддержку индивидуальных форм крестьянского землевладения, потому что главную причину крестьянской бедности видел в примитивном нерациональном строе крестьянского общинного землевладения с его чересполосицей, принудительным севооборотом и считал, что община препятствует выделению наиболее крепких хозяйств.

Аграрная реформа Столыпина предполагала не только «раз­рушение общины» — обеспечение права крестьян на выход из общины и переход к личной земельной собственности (указ 9 но­ября 1906 г.). Составной ее частью стали «землеустройство», т.е. ликвидация чересполосицы, создание хуторов и отрубов, а также переселение крестьян из густонаселенного Центра на окраины, где имелся свободный земельный фонд (главным образом — за Урал), и меры по увеличению площади крестьянского землевладения путем покупки крестьянами дополнительных земель через содействие Крестьянского поземельного банка.

Реформа способствовала становлению частного крес­тьянского землевладения. Из общины выделялись наиболее зажи­точные хозяйства, ведшие предпринимательское производство, а также бедные крестьяне, ликвидировавшие хозяйство и продавав­шие землю. В тех регионах, где проводилась реформа, из общи­ны выделилось всего 3 млн. крестьянских хозяйств с 22% земель. Но большинство крестьян реформу не приняло и продолжало жить в общине. Не достигла своих целей и переселенческая по­литика. В течение 1906—1913 гг. за Урал переселилось 3,5 млн. крестьян, из которых 500 тыс. вернулось обратно, причем темпы переселения не поспевали за естественным приростом населения.  Хотя крестьяне купили около 4 млн. десятин земли, однако реформа не достигла одной из главных целей — она не воспита­ла у крестьян чувства уважения к чужой собственности. Они по-прежнему требовали всех земель помещиков.

При всей своей незавершенности Столыпинская аграрная реформа имела экономический эффект. Росли урожаи, увеличилось использование машин и улучшенных орудий труда, а также совре­менной агротехники и удобрений. Выросла товарность сельского хозяйства, т.е. связь его с рынком: она составляла у частновла­дельческих хозяйств — 47%, а у зажиточных крестьян — 34%. Однако эти положительные изменения затронули не более пятой части крестьянских хозяйств. У большинства крестьян сохранялась община, примитивная агротехника и трехполье и, как следствие, — низ­кая урожайность. Несмотря на проводимую правительством про­грамму переселения за Урал, сохранялась аграрная перенаселен­ность Центра России.

Программа по рабочему вопросу включала два законопроекта в отношении рабочих: о страховании рабочих от несчастных слу­чаев и о врачебной помощи. Согласно им, на предприятиях со­здавались больничные кассы для рабочих. Лечение рабочих про­ходило на счет предпринимателей. Но из-за сопротивления пред­ставителей буржуазных кругов процесс принятия законопроектов затянулся: они были одобрены в Думе только в 1912 г. Вообще же следует отметить, что в отношении рабочего вопроса прави­тельство оказалось более дальновидным, чем российские торго­во-промышленные круги.

Национальный вопрос был одним из важнейших в программе П.А. Столыпина. Суть мероприятий в данной области можно свести к следующим положениям: продолжение политики цент­рализации, унификации и русификации национальных окраин — в первую очередь Финляндии и Западного края; поддержка русского насе­ления на окраинах в противовес коренному большинству — «инородцам». Было предложено ввести земские учреждения в шести губерни­ях Западного края: белорусских Могилевской, Минской и Витеб­ской; украинских Киевской, Подольской и Волынской. В этих гу­берниях создавались национальные курии — русские и польские, причем вследствие искусственного занижения процента нерусско­го населения края русские избирали большее число гласных.

Правые члены Государственного Совета выступили против идеи Столыпина, не желая распространять «либеральное» земское Положение на новые губернии. Весной 1911 г. Госсовет отверг законопроект о Западном земстве. Правительство вынуждено было провести этот закон указом императора по ст. 87 Основных законов, на три дня распустив законодательные палаты. Это резко ухудшило отношения премьера не только с Госсоветом, но и с Думой, которая осудила действия правительства. Законодательный кри­зис по вопросу о Западном земстве стал одним из этапов на пути развала третьеиюньской системы.

Вторым из национальной программы Столыпина стал «Холмский вопрос». Холмщиной или Холмским краем именовалась часть территории Царства Польского, примыкающая к городу Холм. Население этой местности по этническому составу было смешанным (русские, украинцы, поляки, литовцы), но в религиозном отношении большинст­во исповедовало униатско-православную веру. После польского восстания 1863 г. Русская Православная Церковь повела полити­ку объединения униатов с православием, что и было сделано в 1875 г. Однако после объявления в 1905 г. свободы вероисповеда­ния многие бывшие «православные» стали католиками.

Законопроект о Холмщине, внесенный в Думу в 1909 г., пред­полагал выделение Холмщины из состава Царства Польского и подчинение ее Киевскому генерал-губернаторству. Таким обра­зом, провозглашался очередной раздел Польши. Несмотря на протесты поляков, которых поддержали оппозиционные фрак­ции, в 1912 г. правооктябристское большинство приняло данный  закон.

Третьим шагом в национальной сфере стал финляндский во­прос. Русское правительство полагало, что все законы, затраги­вающие общеимперские вопросы или вопросы, находящиеся в совместном ведении края и России, должны приниматься общеимперскими органами — Государственной думой и Государствен­ным Советом России, а не финляндским Сеймом. Фактически это означало ликвидацию автономии Финляндии. Проект правитель­ства, поддержанный правыми и октябристами, был принят в 1910 г. Таким образом, значительная часть программы Столыпи­на была выполнена, и содействие ему оказали правые фракции Государственной думы и октябристы.

Однако реализация курса правительства не укрепила его влияние в обществе. Не прекраща­лось рабочее движение, продолжались волнения в деревне. Рево­люционеры, оппозиционеры-либералы и представители нацио­нальных партий по-прежнему боролись с властью. Против Сто­лыпина выступали и крайне правые. После истории с Западным земством в оппозицию властям стали переходить и октябристы, считавшие, что деятельность кабинета разрушает конституцион­ный строй. Ухудшились и отношения премьера с Николаем II, императора не устраивала самостоятельность главы правительства. Однако отставка не состоялась, поскольку 1 сентября 1911 г. в Киеве Столыпин был убит эсеровским боевиком и полицейским провокатором Д. Г. Богровым.