Иван Грозный вступил на престол семилетним ребенком. Полнота власти до его совершеннолетия принадлежала его матери Елене Глинской. Пользуясь малолетством царя, вокруг престола развернулась борьба боярских группировок Шуйских, Бельских и Глинских за право воспитывать Ивана. Злоупотребления бояр властью послужили причиной крупного народного восстания в Москве в 1547 году. Венчавшись в 16‑ти летнем возрасте на царство, Иван осознал необходимость реформ. Реформы разрабатывались и проводились в жизнь в Избранной раде – кругу друзей и ближайших доверенных лиц царя. Программа реформ впервые была изложена на Земском соборе 1547 года. На Земском соборе присутствовали члены Боярской думы, высшее духовенство и делегаты от народа. Таким образом в 1547 году Россия вошла в период сословно-представительской монархии.

За десятилетний период реформ Избранная Рада сумела осуществить комплексную программу преобразований. В 1550 году был издан новый Судебник. Особое значение имеют военные реформы и реформа местного самоуправления. Вопросы местного суда и управления получили отражение в Судебнике. Постепенно было начато отмена системы кормлений, а функции самоуправления переходили к выборным старостам. Средства, полученные в виде «кормленческого окупа» были направлены на содержание постоянного войска из дворян. Указами 1555–1556 годов все землевладельцы обязывались нести государственную и военную службу. Эти указы еще сильнее сближали аристократию и дворянство. В 1550 году созданы стрелецкие полки, вооруженные огнестрельным оружием и содержавшиеся на казенные деньги. Реформа войска позволило перейти к активной деятельности на Востоке. В 1552 году взята Казань, а в 1556 году – Астрахань. К России добровольно присоединилась башкиры. Главным врагом на юге остается Крымское ханство. С 1560-х годов начинается освоение Сибири.

На время деятельности Избранной рады приходится становление приказной системы управления. Были созданы специальные центральные органы управления, ведавшие отдельными территориями (Казанский, Сибирский, Новгородский) или отраслями государственного управления (Посольский приказ, Разбойничий приказ).

Деятельность Избранной Рады прекратилась к началу 1560-х годов.

В 1564 году Иван Грозный неожиданно оставил Москву и уехал в Александровскую слободу. В грамоте к москвичам он обвинил бояр в злоупотреблениях и противодействию реформам. Срочно собранный Земский собор 1565 года утвердил введение опричнины. Царь выделял для себя особый удел (опришнину) для содержания специального войска. Также царь наделялся особыми правами: казни бояр и конфискации их имущества без одобрения боярской думой. Остальные земли составили земщину, управлявшихся «по прежнему обычаю». В годы опричнины были окончательно ликвидированы уделы (Старицкий удел), ослаблена княжеско-боярская аристократия и усилено дворянство. От опричнины пострадали многие города (Москва, Новгород, Тверь) и государственные деятели. Значительно страдало и крестьянство, что привело к экономическому упадку. Официально опричнина была запрещена в 1572 году, но аппарат репрессий продолжал действовать до смерти Ивана Грозного.

Экономический кризис, вызванный опричниной, был углублен продолжительной Ливонской войной (1558–1583). В ходе войны Иван Грозный пытался выйти к Балтийскому морю. В земельных приобретениях в Ливонии было заинтересовано и русское дворянство. Но на ливонские земли претендовали также Швеция, Дания и Польша. До 1563 года война была для России удачной, но с 1563 года начались поражения. Пользуясь военными неудачами России, на юге активизировались крымские татары. В 1571 году они подошли к Москве и сожгли ее. В 1583 году силы России истощились и она вышла из войны с крупными потерями.

В результате экономического кризиса в деревне сложился диффицит крестьянской рабочей силы. Рядом указов правительство вводит заповедные годы, в течении которых запрещалось переходить на новое место жительства.